Прародителем университета считается Военное аэродромно-техническое училище ВВС в г. Сталинграде, решение об открытии которого было принято в конце 1948 года Генеральным штабом Вооружённых Сил СССР.

В 1954 году училище было перебазировано в г.Мичуринск Тамбовской области (Воронежский военный округ).

В 1963 году учебное заведение было переименовано в «Мичуринское военное авиационно-техническое училище», а спустя несколько месяцев переехало в г. Воронеж и получило новое название — Воронежское военное авиационно-техническое училище.

В 1975 году среднее авиационно-техническое училище было преобразовано в Воронежское высшее военное авиационное инженерное училище.

Директивой Генерального штаба ВС СССР от 23 марта 1992 года было принято решение о создании филиала училища на базе расформированного Борисоглебского высшего военного авиационного училища лётчиков имени В.П. Чкалова.  В апреле 1999 года филиал был ликвидирован

 Постановлением Правительства РФ от 29 августа 1998 года № 1009 преобразовано в Воронежский военный авиационный инженерный институт.

Распоряжением Правительства РФ №937р от 9 июля 2004 года название вуза вновь изменилось – он был переименован в Воронежское высшее военное авиационное инженерное училище (военный институт).

Распоряжением Правительства Российской Федерации №05р от 9 января 2006 года к Воронежскому ВВАИУ в качестве структурного подразделения был присоединён Военный институт радиоэлектроники (г. Воронеж). 

Распоряжением Правительства РФ №1906-р от 25 декабря 2007 года училищу придан статус университета и новое наименование "Военный авиационный инженерный университет"

 В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации 2008 года №1951-р к университету присоединены Иркутское высшее военное авиационное инженерное училище, Ставропольское высшее военное авиационное инженерное училище имени маршала авиации В.А. Судца, Тамбовское высшее военное авиационное инженерное училище радиоэлектроники.