Училище было создано на основании Постановления Совета Министров СССР от 18 августа 1966 для подготовки лётчиков истребительной авиации.

Постановлением Правительства РФ от 29 августа 1998 года № 1009 объявлено о ликвидации до 1 января 2000 года Барнаульского высшего военного авиационного училища летчиков.

 В 1999 году  училище было расформировано.