В 1956 году в соответствии с постановлением Совета Министров СССР была сформирована Военная командная академия противовоздушной обороны в г. Калинине.

В 1974 году академии присвоено имя Маршала Советского Союза Г. К. Жукова.

Постановлением Правительства РФ от 29 августа 1998 года № 1009  академия преобразована в Военный университет противовоздушной обороны (ВУ ПВО) и к нему присоединено Санкт-Петербургское высшее училище радиоэлектроники противовоздушной обороны в качестве филиала.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 4 ноября 2004 г. № 1404-р  учебному заведению возвращён статус академии и присвоено наименование "Военная академия воздушно-космической обороны имени Маршала Советского Союза Г.К. Жукова".

  17 декабря 1981 года Указом Президиума Верховного Совета СССР академия награждена орденом Красного Знамени.